Samostan su osnovali kao zavjet hrvatski velikaši Lapsanovići u 15. stoljeću, a tijekom 16. i 17. stoljeća bio je paljen i razaran u turskim napadima na Dalmaciju. Obnovljen je polovicom 18. stoljeća. Riječ je o najstarijem samostanu na području Franjevačke provincije Presvetog otkupitelja te jednom od najznačajnijih samostana u dalmatinskom zaleđu. Samostan je gotovo u cijelosti porušen u razaranju 13. siječnja 1993. godine. Opsežna obnova svih samostanskih zgrada započela je već u prvim godinama nakon oslobođenja metodom rekomponiranja svih u ruševinama pronađenih i sačuvanih fragmenata i djelomično faksimilske rekonstrukcije. Radovi su dovršeni 2006. godine i bio je to tada najopsežniji i najznačajniji zahvat na obnovi sakralne baštine porušene u Domovinskom ratu. Radove je vodio Miljenko Domijan, glavni konzervator Ministarstva kulture Republike Hrvatske.
Miljenko Domijan (Rab, 1946.) od 2004. godine obnaša dužnost glavnog državnog konzervatora za nepokretnu imovinu. Za svoj rad dobio je više priznanja i nagrada, među ostalima Orden Danice s likom Marka Marulića, talijansku državnu nagradu Pasquale Rotondi za očuvanje kulturne baštine u ratnim neprilikama i u tri navrata nagradu za skrb o kulturnim dobrima u Hrvatskoj Vicko Andrić. Dobitnik je dvije nagrade Europske unije za očuvanje kulturne baštine Europa nostra: za obnovu sklopa katedrale Uznesenja Blažene Djevice Marije u gradu Rabu i restauraciju brončane skulpture Apoksiomena zajedno sa suradnicima.