Tijekom dosadašnjih podmorskih arheoloških istraživanja (voditelj Jurica Bezak, Odjel za podvodnu arheologiju, Služba za arheološku baštinu) u akvatoriju otoka Palagruže i pličine Pupak otkriveni su ostaci pet antičkih i triju novovjekovnih brodoloma. Nalazišta pružaju obilje novih podataka kojima se proširuju dosadašnje spoznaje o plovidbenim rutama Jadranskog mora i uvozu proizvoda s područja zapadnog Sredozemlja te svjedoče o kontinuitetu i intenzitetu plovidbe od 3. stoljeća pr. n. e. do 19. stoljeća i važnosti maritimnog položaja Palagruže.
Iako su gotovo sva nalazišta djelomično devastirana, na morskom dnu ostali su očuvani brojni nalazi trgovačkog tereta i brodske opreme. S obzirom na činjenicu da se nalaze na dubinama koje su dostupne sportskim/rekreativnim roniocima, primarni cilj arheoloških istraživanja je zaštita ugroženih nalaza i prevencija daljnje devastacije te sustavno dokumentiranje.
Fotoalbum
Među novootkrivenim nalazištima posebno se izdvajaju ostaci dvaju antičkih i jednog novovjekovnog brodoloma. Na prvom nalazištu antičkog brodoloma (3. stoljeće pr. n. e.) u samo dvije amfore grčko-italskog tipa nađeno je tri tisuće koštica maslina na kojima je na nekoliko primjeraka ostalo sačuvano i tkivo ploda. Radovima na drugom brodolomu (1. stoljeće pr. n. e.) potvrđeno je otkriće prvog antičkog brodoloma u našem podmorju koji je prevozio teret ingota olova te dva (do sada u našem podmorju nepoznata) tipa amfora. Na nalazištu mletačkog brodoloma iz 16. stoljeća otkriven je veliki brončani top, a u njegovoj neposrednoj blizini ostaci do sada nepoznatog broda, preliminarno datiranog u kraj 18. / početak 19. stoljeća.